رئیس سازمان توسط رئیس قوه قضائیه ازمیان قضات شرع ویا قضاتی که دارای رتبه 10 یا11 قضائی باشند تعیین می‌شود.رئیس سازمان می‌تواند یک نفرقائم مقام برای خودازمیان قضات باصلاحیت انتخاب کند که باپیشنهادوتصویب رئیس قوه قضائیه تعیین می‌گردد.وهمچنین می‌تواند به تعدادلازم معاون داشته باشد.
